FTIR在醫藥學方面的應用是20世紀90年代才逐步開展起來的，目前FTIR在醫藥領域的應用越來越廣泛，尤其對疾病的診斷，紅外光譜更加具有廣闊的應用前景。

傅里葉變換紅外光譜儀(FTIR)于20世紀70年代誕生，它是由光源(碳棒、高壓汞燈)、邁克爾遜(michelson)干涉儀、樣品室、檢測器、計算機系統和記錄顯示裝置等幾部分組成。

傅里葉變換紅外光譜儀不僅具有很高的分辨率和掃描速度，且不僅限于中紅外(MIR)區段的使用，而且分束器的應用可將其光譜范圍覆蓋到從紫外到遠紅外的區段。同時傅里葉變換紅外光譜儀與其他儀器的聯用技術是近代分析研究發展的一個重要方向。

與其他分析方法相比較，傅里葉變換紅外光譜儀具有分析過程簡便、噪聲低、光通量高、測量速度快、波數精度高、測量頻率范圍寬、操作費用低、無損檢測等優點，因而在許多領域，如石油工業、農業、生物學、日用化工、環境科學等都具有廣闊的應用。

目前，紅外光譜技術或者紅外光譜與其他方法聯用技術應用于疾病診斷的研究方興未艾。通過對紅外檢測方法的改進有望實現對病理組織的活體分析，為疾病的快速、準確診斷作出重要支撐。同時，有望通過對組織或細胞的紅外光譜圖的解析去闡明疾病發生的機制及了解病程進展，這對臨床醫學具有積極的意義。與傳統的病理學診斷以及價格昂貴的CT或磁共振波譜法相比較，FTIR是一種快速、準確、簡便的診斷方法。

目前，要將傅里葉變換紅外光譜儀真正應用到藥物檢測、疾病的臨床診斷等醫藥領域還未完全實現，需要解決的問題主要有兩方面：

①尚未建立統一的紅外分析用樣品制作的方法及規范；

②對于藥物檢測與疾病診斷等方面尚缺無公認的、精確的、完善的紅外光譜圖供醫學工作者應用。

今后，需要依靠更多的學者從事相關研究，盡早建立較為完善的紅外光譜數據庫以供對照使用，以便紅外光譜真正應用于臨床診斷。